Anne-Marie Mbakondo sinh ngày 9 tháng 10 năm 1954 tại thị trấn Nyanza, tình phía Nam, Rwanda.

Ban đầu bà học ngành giáo dục đại học tại École Normale Supérieure ở Save, Rwanda, sau đó bà chuyển sang học tại trường Đại học Catholique d'frique Centrale. Bà đảm nhận vai trò giảng dạy với tư cách là giáo sư Khoa Y học Butare từ năm 1973 đến 1977. Trong quá trình giảng dạy, bà gặp Abel Goumba, một giảng viên bộ môn sức khỏe cộng đồng. Hai người kết hôn với nhau.[1]